De zwarte samurai Yasuke in "Assassin's Creed: Shadows" veroorzaakte grote controverse in Japan. Iemand plaatste een petitie waarin werd opgeroepen tot opschorting van de verkoop van het spel, en meer dan 100.000 mensen reageerden. Ubisoft verontschuldigde zich op 23 juli voor het incident en gaf een verklaring.
De controverse over "Assassin's Creed: Shadow" brengt ook historische kwesties met zich mee. Thomas Lockley, universitair hoofddocent aan de rechtenfaculteit van de Nihon Universiteit, vermeldde in zijn boek: "Tijdens de Japanse periode van Strijdende Staten begonnen lokale beroemdheden Afrikaanse slaven te gebruiken om hun macht te demonstreren." Sommige historici hebben deze verklaring bekritiseerd als laster en zijn bezorgd over de verspreiding van "valse geschiedenis".
Met betrekking tot het boek van Thomas Lockley gelooft Hamada, lid van het Huis van Afgevaardigden van de Japanse ‘Partij ter Bescherming van het Volk tegen NHK’, dat als denkbeeldige geschriften als historische feiten worden beschouwd en over de hele wereld worden verspreid, de vervalste geschiedenis echte geschiedenis zal worden.
In dit verband vroeg Hamada enkele officiële afdelingen om hun mening over deze kwestie, en het ministerie van Onderwijs, Cultuur, Sport, Wetenschap en Technologie antwoordde: "In het algemeen zullen we er zorgvuldig mee omgaan als de inhoud van thuiswedstrijden ervan verdacht wordt de openbare orde en goede gebruiken te schenden." Het ministerie van Buitenlandse Zaken reageerde: "Aangezien dit een verhaal in het spel is en niets met diplomatie te maken heeft, kunnen we niet op deze kwestie reageren." Het ministerie van Economie, Handel en Industrie reageerde: "We geven geen commentaar op specifieke games."