Volgens CCTV-nieuws heeft het Japanse ministerie van Land, Infrastructuur, Transport en Toerisme op 3 januari, lokale tijd, de gespreksgegevens vrijgegeven tussen de luchtverkeersleiding van de luchthaven en het JAL-passagiersvliegtuig en het kustwachtvliegtuig vóór de vliegtuigbotsing op de luchthaven Tokyo Haneda. Uit gegevens blijkt dat de afdeling luchtverkeersleiding op dat moment landingstoestemming had verleend aan het JAL-passagiersvliegtuig.
Aan de andere kant rapporteerde de luchtverkeersleidingsafdeling op de 2e om 17.45 uur lokale tijd aan het vliegtuig van de Kustwacht:'Taxi alstublieft naar de landingsbaanpositie op de grond.' Kustwachtvliegtuigen mogen de landingsbaan nog niet betreden.
Dit betekent dat het Kustwachtvliegtuig zonder toestemming de baan opkwam, wat een van de belangrijkste redenen voor het ongeval was.
Volgens de Japan Broadcasting Association (NHK)De gezagvoerder van het gewonde transportvliegtuig van de Kustwacht verklaarde eerder dat hij duidelijke instructies had gekregen om het opstijgen toe te staan;De Japanse Transportveiligheidsraad is vandaag een onderzoek naar het ongeval begonnen.
Uit eerdere berichten bleek dat de Airbus A350 van Japan Airlines in brand vloog na een botsing met een ander vliegtuig op de landingsbaan. De gehele romp brandde volledig uit, maar gelukkig werden alle 367 bemanningsleden en passagiers aan boord geëvacueerd.
Het kustwachtvliegtuig dat in botsing kwam met het passagiersvliegtuig van Japan Airlines had zes mensen aan boord.Behalve de kapitein, die ernstig gewond raakte en het overleefde, kwamen alle andere vijf mensen om het leven.