Op de 2e (16:47 uur Pekingse tijd) om 17.47 uur lokale tijd (16.47 uur Pekingse tijd) kwam een passagiersvliegtuig van Japan Airlines in botsing met een vliegtuig van de kustwacht nadat het die middag was geland op de luchthaven Tokyo Haneda, waardoor een ernstige brand ontstond.Volgens rapporten zijn alle 379 mensen aan boord van de vlucht van Japan Airlines ontsnapt. Vijf mensen aan boord van het vliegtuig van de Japanse kustwacht kwamen om en de kapitein raakte ernstig gewond.
Naar verluidt zou het vliegtuig van de kustwacht oorspronkelijk naar het door de aardbeving getroffen gebied van Ishikawa vliegen om hulpgoederen te leveren, maar het slaagde er niet in de instructies van het meldstation op te volgen, waardoor de twee vliegtuigen "achteruit gingen".
Het Japanse ministerie van Land, Infrastructuur, Transport en Toerisme en de Japanse kustwacht hielden een persconferentie.Er werd aangekondigd dat functionarissen de vliegtuigbotsing die die dag op de luchthaven Tokyo Haneda plaatsvond, hebben geïdentificeerd als een luchtvaartongeval en de Japan Transportation Safety Board op de hoogte hebben gesteld.
Op een persconferentie gehouden door Japan Airlines zei de persoon die de leiding had over het bedrijf:Het JAL-passagiersvliegtuig dat die dag op de luchthaven Haneda in Tokio in botsing kwam met een vliegtuig van de Japanse kustwacht, had vóór het incident landingsvergunning gekregen van de luchthaven.
De bemanning verklaarde dat het vliegtuig de landingsbaan naderde en op dezelfde wijze begon te landen als gebruikelijk.
Volgens nieuws vrijgegeven door Japan Airlines, getroffen door de vliegtuigbotsing op Tokyo Haneda Airport die dag,Het bedrijf annuleerde op de 2e in totaal 116 binnenlandse vluchten in Japan, waarbij ongeveer 19.920 passagiers betrokken waren.